自来水的二次污染主要自输水管网及高层水箱带来的。从目前调查研究表明自来水的二次污染主要是微生物污染。

当自来水公司将水厂处理后的优质饮用水经由管网输送到用户期间，水质往往会发生变化，使到达水龙头水的水质受到微生物等污染物的污染，甚至导致管网水二次污染引发的传染病爆发。

国外的调查发现，美国30%的水介传染病来自配水系统，例如1971~1994年美国爆发的水介传染病272例中，由配水系统起因的占30%；1971~1985年美国爆发的水介传染病中，有16%归因于管网或水库原水出现的微生物；1989~1992年美国60次较大的水介传染病爆发事故中，有13%与管网问题有关。1937~1986年英国爆发的21次水介传染病中，有7次归因于管网微生物污染，其中4次由沙门氏菌属和弯曲杆菌属所造成。Payment等人在一项流行病调查研究中指出，14%~19%的肠胃病来源于水龙头水污染，主要是管网中病原微生物所致。

在我国也有相关的报道，目前政府的相关部门每年都投入大量资金，对自来水输送管网及高层楼水箱进行改造，以减少或杜决自来水的二次污染。如果您那里的自来水有二次污染的问题，建议您安装一台家用净水器可以有效的解决自来水的二次污染，保证饮水安全。